Borneo dikelilingi oleh Laut China Selatan di utara dan barat laut, Laut Sulu di timur laut, Laut Sulawesi dan Selat Makasar di sebelah timur, dan Laut Jawa dan Selat Karimata di selatan. Ini adalah pulau terbesar di Kepulauan Melayu, dengan luas 743,330 kilometer persegi. Di sebelah barat Borneo adalah Semenanjung Tanah Melayu dan Sumatera, di sebelah selatan adalah Jawa, di sebelah timur adalah Sulawesi, dan di sebelah timur laut adalah Filipina.
Titik tertinggi Borneo adalah Gunung Kinabalu di Sabah, Malaysia, dengan ketinggian 4,095 m (13,435 ka) di atas permukaan laut. Ini adalah puncak tertinggi ketiga di Asia Tenggara, yang juga membuat Borneo menjadi pulau tertinggi ketiga di dunia.